โดยทั่วไปจะใช้ระยะเวลาในการรักษารากฟัน 2-3 ครั้ง ครั้งละ 30-60 นาที
ซึ่งจะมีการถ่ายเอ็กซเรย์ ก่อน-ระหว่าง-หลังทำ เพื่อประเมินการรักษารากฟัน

1. ครั้งแรกทันตแพทย์จะฉีดยาชา และใส่แผ่นยางกันน้ำลายเพื่อแยกซี่ฟันที่จะทำการรักษารากฟันออกจากซี่อื่นๆ (Rubber dam isolation)

2. ทันตแพทย์จะทำการกรอเอารอยผุส่วนติดเชื้อออกทั้งหมดรวมทั้งส่วนโพรงประสาทฟัน

3. วัดความยาวคลองรากฟัน, ล้างทำความสะอาดและฆ่าเชื้อในคลองรากฟัน จากนั้นจะใส่ยาฆ่าเชื้อทิ้งไว้ในคลองรากฟัน ด้านบนปิดด้วยวัสดุอุดฟันชั่วคราว (ทิ้งไว้ 1-2 สัปดาห์)

4. ทันตแพทย์จะนัดกลับมาล้างคลองรากฟันซ้ำ จนไม่พบการอักเสบของรากฟันแล้ว ถึงจะทำการอุดปิดคลองรากฟันด้วยวัสดุ Gutta percha

5. จากนั้นทำการอุดปิดตัวฟันด้านบนด้วยวัสดุอุดฟันถาวร เพื่อป้องกันการติดเชื้อซ้ำ

6. หากเนื้อฟันเหลืออยู่น้อย ทันตแพทย์แนะนำให้บูรณะฟันต่อด้วยการปักเดือยฟันและครอบฟันหลังจากรักษารากฟัน เพื่อเสริมความแข็งแรงให้แก่ฟัน